自动化学院前身是电子与电气工程学院，是淮阴工学院最早设置的院系之一(创办于1984年)，在2001年，将创办初期的电气工程系第一次更名为电子信息工程系，2009年7月为了方便对外交流，学校起动了系改院工作，第二次更名为电子与电气工程学院。2015年7月进行了学科专业优化调整，将原电子与电气工程学院与计算机工程学院重组分别成立了自动化学院、电子信息工程学院、计算机与软件工程学院。
       学院现有电气工程及其自动化、测控技术与仪器、自动化三个本科专业。其中自动化专业2012年被省教育厅遴选为卓越工程师（软件类）教育培养计划试点专业，同年遴选为省教育厅“十二五”高等学校重点专业类，电气工程及其自动化专业为学校特色专业。内设电气工程系、自动化系、测控系、自动化中心实验室等二级教学管理部门以及自动化研究所、淮安市电子协会，拥有江苏省经信委中小企业仪器仪表产业公共服务平台、淮安市新型自动化技术应用中心公共服务平台。
       现有全日制在校生1335人，教职工56人，其中专任教师46人，教授4人，副教授12人，博士（含在读11人）19人、硕导8人，入选省青蓝工程骨干教师1人、省“六大人才高峰” 1人、市“533英才工程”拔尖人才培养对象6人、市教育系统先进个人1人、市科技先进工作者1人，江苏省科技镇长团成员2人，校教学名师1人，校师德标兵2人，已形成以博士硕士为骨干和主体的、结构合理、富有朝气的教师队伍，并呈现出良好的发展态势。自2010年以来，我院教师主持市厅级以上及产学研合作项目74项，其中，国家青年基金3项，教育部青年基金1项，星火计划2项，省科技厅项目4项，省“六大人才高峰”项目1项，成果产业化项目4项，获市科技进步二等奖1项，实现经费到款420万元。截止2014年底，发表学术论文349篇，其中SCI、EI检索101篇，获市优秀自然学术论文二等奖2项。发明专利7项，实用新型专利11项。
       学院拥有先进的教学科研设施和良好地实践教学环境，院中心实验室占地面积4276平方米，仪器设备总值约1500万元，建有电工电子教学实验中心（共享）、自动化技术、测控等三个综合实验室，下设电工基础、模拟数字电路、电力工程基础、电力电子、电机拖动、EDA、PLC与工控网络、过程控制与DCS系统、自动控制、计算机仿真、传感器技术、光电检测技术、智能仪器与虚拟仪器、嵌入式系统、单片机原理及应用、新能源技术、机器人控制技术、无线传感网、创新等32个实验分室。其中电工电子教学实验中心为省级基础课实验教学示范中心，自动化技术实验室在学校首届实验室评比中荣获校优秀实验室称号。学院强化实习基地建设，在南京、苏州、淮安等地建立了20多个实习基地。
       学生工作健康发展，每年招生均100%完成计划，毕业生总就业率始终保持在98%以上，考研录取率逐年递增，2013年10.44%，2014年12.37%，2015年13.13%，学院多次被评为“校考研工作先进单位”和“校就业工作先进单位”等荣誉称号，在校学生工作考核中，始终名列前茅。